进化分类学（汉语拼音：jìn huà fēn lèi xué），（evolutionary taxonomy），以进化论为理论基础，要求分类系统反映生物亲缘关系，总结进化历史的分类学分支。又称进化系统学和综合分类学。进化分类学在C.R.达尔文的《物种起源》出版以后，才得到公认。

进化分类学涉及3个基本问题：物种概念、系统原理和特征分析。在达尔文时代，进化论给分类学的启示主要有以下3点：①证明物种可变，每一物种都有自己的进化历史。②存在亲缘关系，探索种类之间的系谱分支。③建立单系系统，要求大小物类都源出于共同祖先。直到20世纪30、40年代，随着新系统学的兴起，才得到进一步发展。首先是物种问题，明确了种群是物种的基本结构单元，根据种群的地理分化，开展了种下的亚种分类；又从种群分化和物种分化，研究物种形成和分布规律。其次是种上进化和系统原理，肯定了两个分类标准：分支系统和阶段系统，前者系指系谱分支，后者系指发展水平，例如动物源出于植物，是植物界的一个分支，但按发展水平，应分出为一个独立的界，以与植物界并立；又如昆虫纲与多足纲、昆虫纲内的无翅亚纲与有翅亚纲等等，都是如此。其三是关于特征分析，鉴于单系系统根据于共同起源，因而分类特征亦必须出于同源，不取异源或平行特征。

60年代以后，进化分类学根据现代遗传学所提供的事实，采取了新征与祖征对比的历史分析方法。即每一物种都有自己的种征，种征是物种的新征，是随着新种的形成而产生的特征。每一物种又都具有它所隶属的一系列的上级单元特征，这些上级单元的特征都是物种所保持的祖征。例如：昆虫纲的特征是本纲特有的新征，又是纲下单元共有的祖征。上级单元的特征是下级单元的祖征，本级单元的特征是本系获得的新征。

界级特征早于门级，门级早于纲级，纲级早于目级，目级早于科级，等等。这叫做特征相对时序。特征的相对时序反映进化的阶段历程。

以天牛为例，天牛隶属昆虫纲、有翅亚纲、全变态类、鞘翅目，组成为一个科，即天牛科。从纲到科的特征层次是：①成虫体分头、胸、腹3部，胸部具足3对（纲的特征）。②成虫具翅两对，着生在中胸和后胸（亚纲特征）。③生活史有4个时期，卵、幼虫、蛹、成虫（全变态特征）。④成虫一对前翅特化为鞘翅（目的特征）。⑤成虫5个跗节，第四节很小，隐藏在第三跗节的两叶之间；触角着生在额突上（科的特征）。5个分类层次显示了天牛作为一类昆虫在其进化史上所经历的5个主要阶段。第一个阶段是头、胸、腹体型的形成，昆虫的起源。第二是翅的产生，有翅昆虫的起源。第三是蛹态的出现，全变态类的起源。第四是前翅特化为鞘翅，甲虫的起源。第五是角突的耸起，天牛的起源。天牛作为动物界的成员，还具有纲以上的门级、界级特征，而每一种天牛，除了自己的种征外，又都具有它所隶属的亚科、族、属等级特征，以此显示其进化的全部阶段历程。每一物种都具有一定的新征与祖征，这是分类系统可以反映进化历史的根本原因。